Создайте индекс диапазона байтов файла CSV для чтения из S3 построчно

Технически, единственное, что сломано, это пробелы. Не размещайте пробелы вокруг своих операторов в синтаксисе оболочки:

config[$i]="value2"

Однако есть много других мелочей, о которых вы можете подумать. Например, если элемент из config может содержать пробелы, тест может нарушиться. Используйте кавычки или ключевое слово [[, чтобы этого избежать.

… if [[ ${config[$i]} = "value1" ]]
    then config[$i]="value2" …

seq - нестандартный внешний исполняемый файл. Вам будет лучше использовать встроенный синтаксис итерации. Кроме того, предполагая, что итерация происходит по всем элементам в config, вы, вероятно, просто хотите сделать:

for ((i=0; i<${#config[@]}; i++));
do
    if [[ ${config[$i]} = "value1" ]]
        then config[$i]="value2"
    fi
done