Вам необходимо установить логическое значение localStorage:

$("section").toggleClass("dark");
let darkThemeEnabled = $("section").hasClass("dark");
localStorage.setItem("dark-theme-enabled", darkThemeEnabled);

РЕДАКТИРОВАТЬ

Также измените способ получения:

if (localStorage.getItem('dark-theme-enabled')) {
    $('section').addClass('dark');
    $('ul').addClass('active');  
}