Я считаю, что Eclipse поставляется с внутренними компиляторами, и вы можете выбрать совместимость с Java 1.3 до 1.6 (см. меню «Настройки» в разделе «Java-> Compiler»). Таким образом, Eclipse не нуждается в компиляции внешнего JDK, потому что он сам по себе является самодостаточным.
Если вы хотите создать скрипт сборки вне Eclipse, вам понадобится внешний компилятор, как тот, который поставляется с настоящим JDK.
Проверьте файл plist вашего проекта. Это похоже на проблему с безопасностью транспорта приложений https://stackoverflow.com/a/30732693/6517981