Используйте следующий код для отмены уведомления:
NotificationManager notificationManager = (NotificationManager)getSystemService(Context.NOTIFICATION_SERVICE);
notificationManager.cancel(NOTIFICATION_ID);
В этом коде всегда используется один и тот же идентификатор, используемый для уведомлений. Если у вас есть разные уведомления, которые необходимо отменить, вам нужно сохранить идентификаторы, которые вы использовали для создания Уведомления.