Самопрозрачность особенно сложна в WebGL и three.js. Вам просто нужно понять проблемы, а затем приспособить свой код для достижения желаемого эффекта.
Вы можете добиться внешнего вида прозрачной сферы в three.js с трюком: Вам нужно отобразить прозрачные сферы два - один с material.side = THREE.BackSide
и один с material.side = THREE.FrontSide
.
Использование таких методов обычно требуется, если вы хотите, чтобы самопрозрачность без артефактов - особенно если вы разрешаете камере или объекту двигаться.
Вот скрипка: http://jsfiddle.net/unkya/17/
EDIT: Обновлен скрипт до трёх. Js r.71