JavaScript: indexOf против совпадения при поиске строк?

Свойство color= или c= должно быть цветом matplotlib, как указано в документации для plot .

Чтобы сопоставить целочисленную метку с цветом просто сделайте

LABEL_COLOR_MAP = {0 : 'r',
                   1 : 'k',
                   ....,
                   }

label_color = [LABEL_COLOR_MAP[l] for l in labels]
plt.scatter(x, y, c=label_color)

Если вы не хотите использовать встроенные односимвольные имена цветов, вы можете использовать другие определения цветов. См. Документацию по цветам matplotlib.