Bootstrap 3: Как получить два входа формы на одной строке и другие входы на отдельных строках?

Не отвечает «почему» (должно быть что-то с разваливающимся краем), но кажется, что самый простой / самый логичный способ сделать то, что вы пытаетесь сделать, - просто добавить padding-top к external div:

http://jsfiddle.net/hpU5d/1/

Незначительное примечание - не обязательно устанавливать div в display:block;, если в коде нет чего-то другого, говорящего, что он не должен быть блоком.