cover.py не покрывает скрипт, если py.test выполняет его из другого каталога

Я не могу дать вам точный код вашей ситуации, но я могу сказать, что ваша ситуация будет упрощена в десять раз за счет наличия столярного стола между сотрудниками и компанией, чтобы разбить многие на многие отношения.