Пользовательский метод распознавания отводов не будет работать, если он будет реализован в другом классе

if (in_array($content["ext"], array("zip"))) {
    $zip = zip_open($file);

    $files = array();

    while ($zip_entry = zip_read($zip)) {
        $zip_path = zip_entry_name($zip_entry);
        $path = explode("/", $zip_path);
        $path = array_filter($path);
        $lastElement = end($path);

        //reset pointer
        $cur = &$files;

        $count = count($path);

        //set pointer to proper parent folder
        for ($i = 0; $i < $count - 1; $i++) {
            $cur = &$cur[$path[$i]];
        }

        //add file
        $cur[] = $path[$i];
    }

    //delete pointer
    unset($cur);
}

print_r($files);