Поскольку он еще не был предложен, я уверен, что LOAD DATA INFILE по-прежнему является самым быстрым способом загрузки данных, поскольку он отключает индексирование, вставляет все данные, а затем снова включает индексы - все в одном запросе.
Сохранение данных в виде csv должно быть довольно тривиальным, имея в виду fputcsv. MyISAM работает быстрее, но вы все равно получаете большую производительность в InnoDB. Есть и другие недостатки, хотя я бы пошел по этому маршруту, если вы вставляете много данных и не беспокоитесь о том, что у вас меньше 100 строк.