Почему не так?
html, body {
height: 100%;
}
#containerInput {
background-image: url('../img/edit_bg.jpg');
height: 40%;
}
#containerControl {
background-image: url('../img/control_bg.jpg');
height: 60%;
}
Дает вам html и body (в этом порядке) высоту, а затем просто придаст вашим элементам высоту?
Работает для меня