После создания корневого окна другие окна должны быть экземплярами Toplevel .
import Tkinter as tk
root = tk.Tk()
tk.Label(root, text="this is the root window").pack()
root.geometry("200x200")
for i in range(4):
window = tk.Toplevel()
window.geometry("200x200")
tk.Label(window, text="this is window %s" % i).pack()
root.mainloop()