Как сказал @rckoenes, вам нужно будет делать серверный сервер вычислений, но как вы можете узнать, когда нужно увеличить значение номера значка, которое вы должны отправить в полезной нагрузке?
Будет ли при запуске отправки приложения сообщение на ваш сервер, указывающее, что приложение было запущено. Таким образом, на стороне сервера вы начинаете снова с badge = 0, и пока нет сообщений, полученных сервером, увеличивайте номер значка с каждой полезной нагрузкой push-уведомления.