Что именно происходит в бесконечных вложенных списках?

s = r'abc123d, hello 3.1415926, this is my book'
print re.findall(r'-?[0-9]+(?:\.[0-9]*)?|-?\.[0-9]+',s)

Вам не нужно escape дважды, когда вы используете raw mode.

Выход: ['123', '3.1415926']

Также тип возврата будет списком strings .Если вы хотите, чтобы возвращаемый тип, как integers и floats, использовал map

import re,ast
s = r'abc123d, hello 3.1415926, this is my book'
print map(ast.literal_eval,re.findall(r'-?[0-9]+(?:\.[0-9]*)?|-?\.[0-9]+',s))

Выход: [123, 3.1415926]