Я также столкнулся с одной и той же проблемой, и я не мог найти другого пути, кроме разделения одной операции SQL в отдельных файлах, а затем выполнить все из них в последовательности.
Очевидно, проблема заключается не в списках команд DML, они могут быть выполнены без GO между ними; другая история с DDL (создание, изменение, падение ...)