Открыть новое окно в новой вкладке

Вы не можете привязать «NOT NULL». Вы можете привязать только значения . «IS NOT NULL» не является значением, это совершенно другой синтаксис запроса. Вам просто нужно динамически строить запрос, привязка значения не может помочь вам в этом:

$query = 'SELECT ... WHERE ';
if (/* condition is NOT NULL */) {
    $query .= 'foo IS NOT NULL';
    $stmt = $db->prepare($query);
} else {
    $query .= 'foo = :foo';
    $stmt = $db->prepare($query);
    $stmt->bindValue('foo', $foo);
}
$stmt->execute();