вставить несколько строк в базу данных DB2

Это не может работать, потому что ppCombined представляет собой набор объектов в памяти, и вы не можете присоединиться к набору данных в базе данных с другим набором данных, который находится в памяти. Вместо этого вы можете попытаться извлечь отфильтрованные элементы personProtocol коллекции ppCombined в память после , вы получили другие свойства из базы данных:

var persons = db.Favorites
    .Where(f => f.userId == userId)
    .Join(db.Person, f => f.personId, p => p.personId, (f, p) =>
        new // anonymous object
        {
            personId = p.personId,
            addressId = p.addressId,   
            favoriteId = f.favoriteId,
        })
    .AsEnumerable() // database query ends here, the rest is a query in memory
    .Select(x =>
        new PersonDTO
        {
            personId = x.personId,
            addressId = x.addressId,   
            favoriteId = x.favoriteId,
            personProtocol = ppCombined
                .Where(p => p.personId == x.personId)
                .Select(p => new PersonProtocol
                {
                    personProtocolId = p.personProtocolId,
                    activateDt = p.activateDt,
                    personId = p.personId
                })
                .ToList()
        });