Вы можете исключить проекты на уровне решения для конкретной конфигурации build с помощью диалога Configuration Manager в Visual Studio:
[/g3]
Затем вы можете просто вызвать msbuild
в файле решения , указав конфигурацию сборки для использования:
msbuild /property:Configuration=Release MySolution.sln