Java динамически загружает классы, поэтому ваш юниверс классов будет только теми, которые уже загружены (и еще не выгружены). Возможно, вы можете сделать что-то с помощью специального загрузчика классов, который мог бы проверять супертипы каждого загруженного класса. Я не думаю, что есть API для запроса набора загруженных классов.