Мне нужно было это сделать и решил пойти по этому пути:
$('.overlay').click(function(e){
var left = $(window).scrollLeft();
var top = $(window).scrollTop();
//hide the overlay for now so the document can find the underlying elements
$(this).css('display','none');
//use the current scroll position to deduct from the click position
$(document.elementFromPoint(e.pageX-left, e.pageY-top)).click();
//show the overlay again
$(this).css('display','block');
});