Проверьте путь
import numpy
print numpy.__path__
Для меня это было /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/numpy. Поэтому я переместил его во временное место
sudo mv /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/numpy \
/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/numpy_old
, а затем в следующий раз, когда я импортировал numpy, путь был /Library/Python/2.7/site-packages/numpy/init.pyc, и все было хорошо.