Для modena.css
(определение внешнего вида JavaFX по умолчанию в Java 8) для всех элементов управления (а также для панелей, если элемент управления загружен) был введен небольшой затененный фон.
Вы можете удалить это, указав, что фон по умолчанию прозрачен. Это можно сделать, добавив следующую строку в файл CSS вашего приложения:
.root { -fx-background-color: transparent; }
Это в дополнение к другим настройкам, которые у вас уже есть в коде, чтобы инициализировать стиль сцены и фоновое заполнение сцена.
stage.initStyle(StageStyle.TRANSPARENT);
scene.setFill(Color.TRANSPARENT);
Примечание: в примере кода вопроса создается дополнительный этап (initStage) вместо использования пройденного этапа для метода запуска. Прошедший этап может быть инициализирован, использован и показан непосредственно вашим кодом, а не создает дополнительный initStage.