TFS 2012 и преобразования web.config

Может быть файл, который не имеет CRLF, может иметь только LF. Попробуйте проверить вывод HEX файла.

Если это так. Попробуйте запустить файл через awk:

awk '{printf "%s\r\n", $0}' file > new_log_file