Я нашел, что deinit работает хорошо для меня:
deinit
git submodule deinit git rm
Из git docs :
deinit Отменить регистрацию данных подмодулей, т. е. удалить весь раздел submodule.$name из .git / config вместе с их деревом работы.
Отменить регистрацию данных подмодулей, т. е. удалить весь раздел submodule.$name из .git / config вместе с их деревом работы.
submodule.$name