Чтобы удалить добавленный подмодуль, используя:
git submodule add blah@blah.com:repos/blah.git lib/blah
Run:
git rm lib/blah
Вот и все.
Для старых версий git (около 1.8.5) используйте:
git submodule deinit lib/blah
git rm lib/blah
git config -f .gitmodules --remove-section submodule.lib/blah