Большинство ответов на этот вопрос устарели, неполны или излишне сложны.
Подмодуль, клонированный с использованием git 1.7.8 или новее, оставит не более четырех своих следов в вашем локальном репо. Процесс удаления этих четырех трасс задается тремя командами ниже:
# Remove the submodule entry from .git/config
git submodule deinit -f path/to/submodule
# Remove the submodule directory from the superproject's .git/modules directory
rm -rf .git/modules/path/to/submodule
# Remove the entry in .gitmodules and remove the submodule directory located at path/to/submodule
git rm -f path/to/submodule