То, что я сейчас делаю Dec 2012 (объединяет большинство этих ответов):
oldPath="vendor/example"
git config -f .git/config --remove-section "submodule.${oldPath}"
git config -f .gitmodules --remove-section "submodule.${oldPath}"
git rm --cached "${oldPath}"
rm -rf "${oldPath}" ## remove src (optional)
rm -rf ".git/modules/${oldPath}" ## cleanup gitdir (optional housekeeping)
git add .gitmodules
git commit -m "Removed ${oldPath}"