Ты так близко! Помните, что ваш внешний контент - это массив. Итак, следующие 2 изменения символов работают, используйте контент. $. Активы внутри значения для $ pull.
db.presentations.update(
{'content.assets._id': ObjectId('4fc63def5b20fb722900010e')},
{$pull: {'content.$.assets': {'_id': ObjectId('4fc63def5b20fb722900010e')}}}
)
Увеличение вперед.