Вы можете полностью избавиться от родителя и использовать что-то вроде FindParent(node.Id)
, когда вам нужно его найти.
Если это не выполнимо (должно быть, хотя), и вам нужно иметь родительскую ссылку, мое предложение состояло бы в том, чтобы пройти через дерево и установить родительские ссылки после десериализации.