Вам нужна команда ?Rscript
для запуска R-сценария с терминала.
Отъезд http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library /utils/html/Rscript.html
Пример
## example #! script for a Unix-alike
#! /path/to/Rscript --vanilla --default-packages=utils
args <- commandArgs(TRUE)
res <- try(install.packages(args))
if(inherits(res, "try-error")) q(status=1) else q()