Похоже, что ответ заключается в том, что на данный момент вы не можете.
http://exploringjs.com/es6/ch_modules.html#sec_module-loader-api
Я думаю, что цель состоит в том, чтобы максимально использовать статический анализ, и условно импортированные модули нарушают это. Также стоит упомянуть - я использую Babel , и я предполагаю, что System
не поддерживается Babel, потому что API загрузчика модуля не стал стандартом ES6.