.stop (true, true) заморозит эффект, поэтому, если он невидим в то время, он остается невидимым. Это может быть проблемой, если вы используете эффект пульсации.
$('#identifier').effect("pulsate", {times:5}, 1000);
Чтобы обойти это, я добавил
$('#identifier').stop(true, true).effect("pulsate", { times: 1 }, 1);