matplotlib svn имеет новую функцию для сохранения изображений только как изображение - без осей и т. д., это очень простая функция для резервного копирования, если вы не хотите устанавливать svn (скопировано прямо из image.py в matplotlib svn , для краткости удалили docstring):
def imsave(fname, arr, vmin=None, vmax=None, cmap=None, format=None, origin=None):
from matplotlib.backends.backend_agg import FigureCanvasAgg as FigureCanvas
from matplotlib.figure import Figure
fig = Figure(figsize=arr.shape[::-1], dpi=1, frameon=False)
canvas = FigureCanvas(fig)
fig.figimage(arr, cmap=cmap, vmin=vmin, vmax=vmax, origin=origin)
fig.savefig(fname, dpi=1, format=format)