Обычная практика заключается в размещении скриптов в дискретной папке, как правило, в корне сайта. Итак, если clock.js здесь:
/js/clock.js
, вы можете добавить этот код в начало любой страницы вашего сайта, и он просто сработает:
<script src="/js/clock.js" type="text/javascript"></script>