Поскольку ваш clock.js находится в корне, поместите свой код в качестве этого, чтобы вызвать ваш javascript в index.html, найденном в указанных вами папках.
<SCRIPT LANGUAGE="JavaScript" SRC="../clock.js"></SCRIPT>
Это вызовет часы. js, который вы положили в корень вашего веб-сайта.