Jakarta Commons Digester должен делать то, что вы хотите.
В качестве альтернативы я бы рекомендовал написать класс преобразования, который использует XPath для извлечения элементов из XML.
Я думаю, что проблема в том, что у вас есть дублированные столбцы: два (женщина, R).
Не уверен, что это ошибка или дублированные столбцы недопустимы. Вот обходной путь для вас:
In [61]: df = pd.read_csv('test.csv', header=[0, 1], skipinitialspace=True, tupleize_cols=True)
In [62]: df
Out[62]:
(Male, R) (Male, R) (Male, L) (Female, R) (Female, R)
0 0.67 0.67 0.88 0.81 0.81
[1 rows x 5 columns]
In [63]: df.columns = pd.MultiIndex.from_tuples(df.columns)
In [64]: df
Out[64]:
Male Female
R R L R R
0 0.67 0.67 0.88 0.81 0.81
[1 rows x 5 columns]