Как использовать Bootstrap при сохранении семантической разметки HTML?

Я бы разработал приложение, чтобы иметь встроенные настройки по умолчанию, и переопределить значения по умолчанию, если пользователь дает разные аргументы.

В вашей настройке, что произойдет, если пользователь даст разные аргументы? Не закончилось бы с несколькими аналогичными аргументами и должно неудобно обращаться с этим?