Когда браузер обрабатывает разметку как XML:
<script>
<![CDATA[
...code...
]]>
</script>
Когда браузер обрабатывает разметку как HTML:
<script>
...code...
</script>
Когда браузер обрабатывает разметку как HTML, и вы хотите, чтобы XHTML 1.0 (например) для проверки.
<script>
//<![CDATA[
...code...
//]]>
</script>