Хотя это не инструмент GUI, мои быстрые тесты показали, что diffxml имеет некоторые перспективы. Автор, похоже, подумал о сложностях представления различий для вложенных элементов стандартизованным способом (его спецификация языка DUL - Delta Update Language).
Установив и запустив свои инструменты, могу сказать, что вывод исходного текста довольно ясен и краток. Он не предлагает такую же степень непосредственного восприятия, как инструмент графического интерфейса, но при условии, что выход стандартизирован как DUL, возможно, вы сможете это сделать и создать инструмент для создания визуального представления. Мне бы очень хотелось его увидеть.
В разделе «Ссылки» автора есть ссылка на несколько других инструментов разнесения XML, но, как вы упомянули в своем сообщении, они все являются собственностью.