Согласно документации для autodie
:
ОШИБКИ
«Используется только один раз» предупреждения могут генерироваться при автодизе или Fatal используется с дескрипторами пакета (например, FILE). Настоятельно рекомендуется использовать скейловые дескрипторы файла.
Я получаю предупреждение на Perl 5.10.1, но не 5.16.3, так что может быть что-то еще происходящее.