Найти дубликаты строк в файле и посчитать, сколько раз каждая строка дублировалась?

Это может быть результатом различий локали:

$ echo 'CO2_
CO_' | env LC_ALL=C sort
CO2_
CO_


$ echo 'CO2_
CO_' | env LC_ALL=en_US sort
CO_
CO2_

Установка переменной окружения LC_ALL с тем же значением должна устранить проблему.