Как мне настроить кнопки Twitter Bootstrap для выравнивания по правому краю?

Используйте JQuery и дождитесь загрузки источника. Вот как я достиг (используется угловой интервал, вы можете использовать метод javascript setInterval):

var addCssToIframe = function() {
    if ($('#myIframe').contents().find("head") != undefined) {
        $('#myIframe')
                .contents()
                .find("head")
                .append(
                        '<link rel="stylesheet" href="app/css/iframe.css" type="text/css" />');
        $interval.cancel(addCssInterval);
    }
};
var addCssInterval = $interval(addCssToIframe, 500, 0, false);