Используя ответ hamishmcn в качестве шаблона, я смог найти строку в файле, которая соответствует моему регулярному выражению и заменяет его пустой строкой.
import re
fin = open("in.txt", 'r') # in file
fout = open("out.txt", 'w') # out file
for line in fin:
p = re.compile('[-][0-9]*[.][0-9]*[,]|[-][0-9]*[,]') # pattern
newline = p.sub('',line) # replace matching strings with empty string
print newline
fout.write(newline)
fin.close()
fout.close()