Я создал простой Func для нечувствительного к регистру regex, который я использую в своем фильтре.
private Func<string, BsonRegularExpression> CaseInsensitiveCompare = (field) =>
BsonRegularExpression.Create(new Regex(field, RegexOptions.IgnoreCase));
Затем вы просто фильтруете поле в следующем виде.
db.stuff.find({"foo": CaseInsensitiveCompare("bar")}).count();