Избегайте наследования web.config в дочерних веб-приложениях с помощью inheritInChildApplications

Он должен находиться непосредственно под корневым узлом , и вам необходимо задать путь следующим образом:

<?xml version="1.0"?>
<configuration>
    <location path="." inheritInChildApplications="false"> 
        <!-- Stuff that shouldn't be inherited goes in here -->
    </location>
</configuration>

Лучший способ обработки наследования конфигурации - это используйте в дочерней конфигурации, где вы не хотите наследовать. Поэтому, если вы не хотите наследовать строки подключения родительского конфига, вы должны сделать что-то вроде этого:

<?xml version="1.0"?>
<configuration>
    <connectionStrings>
        <clear/>
        <!-- Child config's connection strings -->
    </connectionStrings>
</configuration>