Вы не можете делать то, что хотите, в одном запросе. Вам нужно будет сначала получить список идентификаторов пользователей друга, а затем передать эти идентификаторы во второй запрос, чтобы получить документы и отсортировать их по возрасту.
var user = db.user.findOne({"id" : "001"}, {"friends": 1})
db.user.find( {"id" : {$in : user.friends }}).sort("age" : 1);