На самом деле вам не нужно удалять всю папку индекса. Когда вы открываете netbeans и ваша папка проекта активна. Netbeans начинает сканирование файлов и создает временные папки проектов (в папке индекса) для всех активных проектов. Если вы проверите файл index \ segment (его текстовый файл и его можно просмотреть в блокноте / (текстовый редактор)), вы сможете определить папки, которые представляют ваш проект. Затем вы можете удалить эти папки и перезагрузить netbeans.
* Активный проект означает те проекты, которые были открыты до того, как Netbeans завершил работу.