Я столкнулся с этой проблемой в Linux Mint Nadia с Netbeans 7.2.1, но был тупик относительно того, где может быть место кэширования - моя была фактически расположена в
/home/USER/.cache/netbeans/7.2.1
, а не в .netbeans папка.
Если вы не знаете, где находится кеш на вашей конкретной настройке, просто зайдите в справку> о меню в Netbeans, и он скажет вам правильный путь.