Может ли интерактивное окно C # взаимодействовать с моим кодом?

Так же, как Java 7, одна строка с java.nio.file.Files:

Files.write(new File(filePath).toPath(), data);

Где данные - ваш байт [], а filePath - это String. Вы также можете добавить несколько вариантов открытия файла с классом StandardOpenOptions. Добавьте броски или закруглите с помощью try / catch.