Могу ли я написать селектор CSS, выбирающий элементы, НЕ имеющие определенного класса?

Вы должны использовать XmlNamespaceManager в своем вызове SelectSingleNode () :

XmlNamespaceManager ns = new XmlNamespaceManager(xmldoc.NameTable);
ns.AddNamespace("msbld", "http://schemas.microsoft.com/developer/msbuild/2003");
XmlNode node = xmldoc.SelectSingleNode("//msbld:Compile", ns);